La historia del Señor de los Milagros o también conocido como Cristo de Pachacamilla, Cristo Morado, Cristo de las Maravillas , Cristo Moreno o Señor de los Temblores, comienza en el siglo XVII cuando gracias al tráfico de esclavos llegan los esclavos de Angola, África, quienes fueron llevados a la zona de Pachacamilla, lo que es ahora el Centro de Lima. En este lugar, estas personas se reunían en “Cofradías”, Asociaciones de Fieles Católicos, en las cuales encontraron una manera de escapar de la opresión.
Las Cofradías eran agrupaciones de personas que se encontraban a cargo de una iglesia, en este caso en Pachacamilla se construyó una pequeña iglesia de adobe, que fue construida por los mismos esclavos en 1651. Es en este local donde un negro esclavo de Angola, que hasta estos días su nombre es desconocido, en una pared de adobe pinta la imagen de cristo posado en una cruz en señal de devoción y por su propia fe.El sábado 13 de Noviembre ocurrió el primer milagro de la historia de la pintura. Lima fue azotado por un terremoto que destruyó iglesias, templos, millones de casa y el templo de Pachacamilla, pero no pudo con la pared en donde se encontraba la pintura. La imagen quedó intacta sin ninguna alteración.
En 1670 se empieza el culto a esta divina imagen, tras el milagro del terremoto ocurre un segundo milagro ocurrido a Antonio de León quien sufría de un grave tumor maligno al cerebro. Este esclavo no encontró la cura con algún doctor sino que fue enviado a orar a la imagen por algunos milagros yá ocurridos y después de algunos días fue curado.
En 1671 ocurre otro gran milagro, las autoridades de Lima mandaron a borrar la imagen ya que vieron mal las reuniones que se hacia y fuera de los cultos religiosos. Cuando se intentó borrar la imagen, las personas que lo intentaron cayeron desmayadas. Al ver esto la población se manifestó, es así que el Virrey decide finalmente el 14 de Septiembre de ese año oficializar el culto de la imagen y se celebra la primera misa.
En 1671, se le añade a la pintura de Cristo cuatro nuevas imágenes. En primer lugar se le añadió en la parte superior izquierda la imagen de la virgen Maria con una espada apuñalada al corazón que representa el dolor y amor que tiene por su hijo. En segundo lugar esta la imagen de San José quien es dibujado en la parte superior derecha. En la cabeza de Cristo se encuentra la paloma blanca la cual representa al espíritu santo y más arriba de esta penúltima imagen se puede observar al Padre Eterno quién vendría a ser Dios. En 1687 Lima fue impactado nuevamente por un terremoto de más de 15 minutos que se trajo abajo a gran parte de locales de la ciudad, además derramando el local que se había construido alrededor de la imagen, pero nuevamente quedando intacta esta. Tras el gran terremoto vino el gran maremoto que arraso con los restos y con lo que quedaba del templo pero dejando intacta la pared de adobe con la imagen. Este año también es conocido como la primera vez que la imagen sale en su primera procesión. En 1746 Lima fue azotado por otro terremoto pero de nuevo la imagen quedó intacta.
Después de los miles de milagros dados por la imagen y de su obvia invulnerabilidad hacia los terremotos, la imagen en 1715 se declaró como "Patrono Jurado por la Ciudad de los Reyes contra los temblores que azotan la tierra" además de también empezar a ser venerado como el “patrón de la ciudad de Lima”. Y desde ese mismo momento se oficializó el culto de la imagen entre las personas de Lima.
